

1. Autonomia Kościoła oraz status kościelnych osób prawnych
Kościelna osoba prawna (KOP) stanowi jednostkę organizacyjną Kościoła lub związku wyznaniowego, której osobowość prawną nadaje właściwe prawo wewnętrzne danego Kościoła, a której uznanie przez państwo następuje na podstawie szczegółowych ustaw wyznaniowych lub – subsydiarnie – ustawy z 17 maja 1989 r. o gwarancjach wolności sumienia i wyznania (u.g.w.s.w.).
Konstytucja RP w art. 25 ust. 3 gwarantuje Kościołom i związkom wyznaniowym autonomię i niezależność w sprawach własnych, natomiast art. 191 ust. 1 pkt 5 przyznaje im legitymację do występowania z wnioskami do Trybunału Konstytucyjnego. Zasady tworzenia i funkcjonowania kościelnych osób prawnych wynikają m.in. z art. 4 i 6 Konkordatu z 28 lipca 1993 r. oraz z art. 6–9 i art. 14 ustawy o stosunku Państwa do Kościoła Katolickiego w RP (u.s.p.k.k.) oraz analogicznych przepisów ustaw indywidualnych regulujących status innych Kościołów.
Zgodnie z art. 11 u.s.p.k.k. obowiązuje zasada samodzielności kościelnych osób prawnych, wyłączająca odpowiedzialność jednej KOP za zobowiązania innej. W praktyce oznacza to, że kościelne osoby prawne funkcjonują w systemie dualistycznym, podlegając jednocześnie prawu wewnętrznemu Kościoła (w sprawach własnych) oraz prawu państwowemu — w szczególności w relacjach cywilnoprawnych, gospodarczych i podatkowych, które judykatura kwalifikuje jako causae mixtae.
Zasada autonomii kościelnych osób prawnych (art. 11 u.s.p.k.k.) powoduje, że jedna kośielna osoba prawna nie odpowiada za zobowiązania innej.
2. Ewolucja zwolnień od podatku dochodowego kościelnych osób prawnych
Do 1993 r. ustawy wyznaniowe (w tym art. 55 u.s.p.k.k. oraz art. 13 ustawy o gwarancjach) rozróżniały zwolnienie od podatku dochodowego kościelnych osób prawnych w ich : a) działalności niegospodarczej (wewnętrznej) – zwolnienie dotyczyło dochodu z działalności niegospodarczej bez względu na co ten dochód był przeznaczony i ostatecznie wydatkowany (takie zwolnienie w judykaturze nazwano - zwolnieniem bezwarunkowym), b) działalności gospodarczej – zwolnienie dotyczy tej części dochodu, która została przeznaczona i ostatecznie wydatkowana na cele określone w ustawie – takie zwolnienie nazywano - zwolnieniem warunkowym).
Ustawa z dnia 16 grudnia 1993 r. o zmianie niektórych ustaw regulujących zasady opodatkowania (Dz.U. nr 134, poz. 631) oraz późniejsze nowelizacje u.p.d.o.p. stanowi, że wolne od podatku są dochody kościelnych osób prawnych:
art. 17 ust. 1 pkt 4a lit. a – z niegospodarczej działalności statutowej; w tym zakresie kościelne osoby prawne nie mają obowiązku prowadzenia dokumentacji wymaganej przez przepisy Ordynacji podatkowej;
Zwolnienie bezwarunkowe opodatkowanie dochodów kościelnych osób prawnych zostało zawężone do niegospodarczej działalności statutowej.
art. 17 ust. 1 pkt 4a lit. b oraz pkt 4b – z pozostałej działalności - w części przeznaczonej na cele: kultu religijnego, oświatowo-wychowawcze, naukowe, kulturalne, charytatywno-opiekuńcze oraz na konserwację zabytków, prowadzenie punktów katechetycznych, inwestycje sakralne w zakresie: budowy, rozbudowy i odbudowy kościołów oraz kaplic, adaptację innych budynków na cele sakralne, a także innych inwestycji przeznaczonych na punkty katechetyczne i zakłady charytatywno-opiekuńcze.
Zwolnienie warunkowe z dochodów z pozostałej działalności (zarówno gospodarczej, jak i pozostałej działalności niegospodarczej) oraz dochodów spółek, których jedynymi udziałowcami/akcjonariuszami są KOP tylko w części przeznaczonej na ww. cele.
Pismem z 26 marca 1994 r. Minister Finansów potwierdził, że w zakresie zwolnień podatkowych u.p.d.o.p. uchyla w tym zakresie przepisy ustaw wyznaniowych na zasadzie lex posteriori derogat legi priori.
3. Definicja „niegospodarczej działalności statutowej”
Żadna ustawa nie definiuje pojęcia „niegospodarcza działalność statutowa”. W doktrynie i orzecznictwie podkreśla się, że ponieważ chodzi o przepisy zwolnień podatkowych, należy stosować interpretację ścisła. W orzecznictwie preferowana jest wykładnia językowa poszczególnych znaczeń.
W judykaturze i orzeczeniach sądowych pod niegospodarczą działalnością statutową rozumie się więc każdą działalność (zespół czynności, działań, podejmowanych w jakimś celu lub w jakimś zakresie – Słownik PWN), niebędąca działalnością gospodarczą (działalność zarobkowa wykonywana w imieniu własnym w sposób ciągły), która wynika ze specyfiki kościoła i jego działalności i jest regulowana prawem wewnętrznym.
4. Linia orzecznicza sądów administracyjnych
4.1. Wyrok WSA w Krakowie z 4 czerwca 2008 r., sygn. I SA/Kr 137/08 (prawomocny)
Sprawa dotyczyła prowincji instytutu życia konsekrowanego, która uzyskała dochód ze sprzedaży nieruchomości zwróconej przez Komisję Majątkową. Organy podatkowe uznały dochód za pochodzący z „pozostałej działalności”.
Sąd uchylił podzielił pogląd strony Skarżącej, stwierdzając m.in.:
„działalność statutowa” to każda działalność przewidziana, dopuszczona lub uregulowana w statucie (w tym w statutach prowincjalnych zatwierdzonych przez władzę zakonną);
pojęcie „działalność statutowa” jest szersze niż „cele statutowe” (por. użycie obu terminów w art. 17 ust. 1 pkt 4 u.p.d.o.p.);
sprzedaż nieruchomości, jeżeli prawo kanoniczne lub konstytucje zgromadzenia przewidują prawo do nabywania, posiadania i zbywania majątku, stanowi niegospodarczą działalność statutową, a nie „pozostałą działalność”;
przepisy o zwolnieniach podatkowych podlegają wprawdzie wykładni ścisłej, lecz nie zawężającej ponad granice językowe.
4.2. Wyrok WSA w Poznaniu z 14 września 2011 r., sygn. I SA/Po 496/11 Sąd w pełni podzielił powyższą argumentację, potwierdzając, że decydującym kryterium jest treść statutu, a nie ekonomiczny charakter czynności.
5. Zakres dokumentacji o charakterze statutowym dla podmiotów Kościoła Katolickiego
Za dokumenty określające działalność wewnętrzną, statutową kościoła i jego podmiotów prawnych uznaje się m.in. (por. m.in. wyrok SN z 27 lipca 2000 r., IV CKN 88/00 oraz doktrynę):
6. Podsumowanie