W swoim czasie powstała dyskusja czy Kościół, może prowadzić działalność gospodarczą, a kościelne osoby prawne mieć status przedsiębiorcy. Wszyscy byli zgodni, że do spraw własnych Kościoła i kościelnych osób prawnych należy ich niegospodarcza działalność statutowa. Taka działalność nie jest nastawiona na zysk i polega na wypełnieniu zadań realizujących misję Kościoła. Nie oznacza to bynajmniej, że instytucję kościelne nie mogą prowadzić działalności gospodarczej, która ze swej natury jest akcesoryjną i wspomagająca realizację misji kościoła.
Przepisy prawa kanonicznego nie zabraniają instytucjom kościelnym prowadzić działalność gospodarczą, ale ściśle regulują ryzyko utraty lub alienacji mienia kościelnego. Z kolei przepisy państwowe nie ograniczają kościelne osoby prawne w prowadzeniu działalności gospodarczej i możliwości być przedsiębiorcami w rozumieniu art. 431 kc. Ponieważ niegospodarczą działalność statutową kościelnych osób prawnych cieszy się zwolnieniem podatkowym wraz z brakiem obowiązku prowadzenia dokumentacji wymaganej przez ordynację podatkową, dlatego w sytuacji podjęcia działalności gospodarczej, powinna ona być organizacyjnie wyodrębniona. W tym celu zostają wyodrębnione jednostki organizacyjne, które nie posiadają własnej osobowości prawnej, lecz działają w ramach osobowości prawnej, instytucji, któraich powołała (art. 12 u.s.p.k.k).
Wyodrębnione jednostki organizacyjne prowadzące działalność gospodarczą mogą być uznane za odrębne podmioty podatkowe zgodnie z art. 55 ust. 8 u.s.p.k.k. Jednostki te nie są uznawane za przedsiębiorcę w myśl art. 331 § 1 kc. oraz art. 4 ust. 1 prawa przedsiębiorców, ale ponieważ mają podmiotowość podatkową, są przedsiębiorcami na gruncie ordynacji podatkowej. Należy przy tym zaznaczyć, że kościelne osoby prawne mogą wyodrębnić organizacyjnie jednostki, które nie prowadzą działalności gospodarcze takie jak DPS, szkoły czy przedszkola. Od strony przedmiotowej wyodrębniona jednostka organizacyjna może spełniać wszystkie przesłanki definicji przedsiębiorstwa zgodnie z art. 551 kc. Dla powstania obowiązku podatkowego wystarczy posiadanie podmiotowości prawnopodatkowej oraz osiągnięcie dochodu zgodnie art. 1 ust. 1 i art. 7 ust. 1 u.p.d.o.p.
Celem powołania wyodrębnionych jednostek organizacyjnych jest ich odrębność i samodzielność podatkowa przy prowadzeniu działalności gospodarczej. Przy czym w świadomości organów kościelnych osób prawnych, utrwaliło się przekonanie, że dochody takich jednostek podlegają zwolnieniu od podatku dochodowego, jeżeli zostaną przekazane na cele statutowe osób prawnych, które je powołały. Niestety, dochody takich jednostek nie podlegają zwolnieniom od podatku dochodowego przewidzianych dla kościelnych osób prawnych na podstawie art. 17 ust. 1 pkt. 4 a (u.p.d.o.p.). Chociaż, mogą skorzystać ze zwolnienia na podstawie art. 17 ust. 1 pkt. 4 (u.p.d.o.p.), to jednak muszą spełnić zawarte w nim przesłanki, które nie zawsze są odpowiednie dla jednostek prowadzących wyłącznie działalność gospodarczą. Przepis wyraźnie zaznacza, że chodzi o działalność wymienioną we wspomnianym przepisie i ujętych w statucie podatnika. Ma to zastosowania dla szkół i dzieł opiekuńczo charytatywnych wykonujących działalność gospodarczą. Problem pojawia się z powadzeniem działalności gospodarczej wytwórczej i usługowej. Podobne zakłady zazwyczaj nie posiadają własnych statutów a jedynie regulamin pracowniczy.
Oprócz tego wyodrębnione jednostki organizacyjne, działając w ramach kościelnej osoby prawnej, mają pewne ograniczenia na gruncie prawa cywilnego oraz upadłościowego, co dla wielu podmiotów kościelnych się stało niespodzianką w związku z epidemią COVID-19. Te i inne ograniczenia dotyczące wyodrębnionych podatkowo jednostek organizacyjnych kościelnych osób prawnych spowodowały, przeniesienie działalności gospodarczej na Spółki prawa handlowego, w których ww. osoby prawne byłyby jedynymi udziałowcami i korzystały ze zwolnienia przewidzianego w art. 17 ust. 1 pkt. 4a lit. b. u.p.d.o.p.
Instytucje kościelne prowadzące działalność gospodarczą stanęli więc przed wyzwaniem, w jaki sposób przenieść majątek wydzielonej jednostki organizacyjnej na spółkę prawa handlowego nie ponosząc wysokich kosztów podatkowych oraz jak zamknąć działalność wspomnianych jednostek?
Chodzi więc o reorganizację wewnętrznej struktury kościelnej osoby prawne w taki sposób, by była ona niezależnym podmiotem zarówno podatkowym, jak i prawnym przyjmując formę spółki prawa handlowego. Innymi słowy, w jaki sposób przenieść składniki jej mienia do nowego podmiotu o charakterze całkowicie świeckim.
Zgodnie z art. 17 ust. 1 pkt. 4b u.p.d.o.p. dochody spółek, których jedynym udziałowcem jest kościelna osoba prawna, są zwolnione od podatku dochodowego w części przeznaczonej na cele wymienione w art. 17 ust. 1 pkt. 4a lit.b u.p.d.o.p. Dochody więc spółki handlowej, której jedynym udziałowcem jest kościelna osoba prawna, są zwolnione od podatku dochodowego na tych samych zasadach co dochody kościelnych osób prawnych w ich działalności gospodarczej.
Warunkiem zwolnienia jest przeznaczenie oraz ostateczne wydatkowanie dochodów na cele, które realizują zadania i misję Kościoła. Kolejnym warunkiem zwolnienia jest ograniczenie, zawężające udziałowców spółki wyłącznie do kościelnych osób prawnych. Przy czym zapis „Jedyny udziałowiec” nie zawęża liczbę kościelnych osób prawnych, tylko kategorię. Innymi słowy, udziałowcami mogą być wyłącznie kościelne osoby prawne i to w sposób bezpośredni. Spółki, których udziałowcami kościelne osoby prawne w sposób pośredni, nie mogą skorzystać ze wspomnianego zwolnienia (wyrok NSA z dnia 16 stycznia 2025 r. II FSK 501/22).
Przykład:
· Kościelne osoby prawne A i B mają udziały w spółce X;
· Spółka X ma udziały w spółce Y;
· A i B mają udziały w sposób pośredni w spółce Y;
· Dochody spółki Y nie korzystają ze zwolnienia w myśl art. 17 ust.1 pkt. 4b u.p.d.o.p.
Wyodrębniona jednostka organizacyjna, choć nie jest uznawana za przedsiębiorcę w rozumieniu kodeksu cywilnego i prawa przedsiębiorców, to jednak może być przedsiębiorstwem w rozumieniu art. 551 kc. Innymi słowy, jest to zespół składników materialnych i niematerialnych prowadzących działalność gospodarczą. W skład przedsiębiorstwa wchodzą: nieruchomości (budynki), rzeczy ruchome (wyposażenie, zapasy produkcyjne), własności niematerialne (prawa autorskie, licencje, know-how, marka i wizerunek, kapitał ludzki etc.).
Nieodpłatne przeniesienie aportem dotyczy wszystkich składników materialnych oraz niematerialnych będących własnością przedsiębiorstwa z wyłączeniem praw niezbywalnych, oraz świadczeń pacy lub usług (art. 14 §1 k.s.h).
Co stanowi przedsiębiorstwo lub jego zorganizowaną część?
Sądy administracyjne oraz organy podatkowe prezentują pogląd, zgodnie z którym przedsiębiorstwo lub ZCP stanowią zarówno składniki materialne jak i niematerialne pozostających ze sobą w takich relacjach, które pozwalają stwierdzić, że mamy do czynienia z podmiotem będącym w stanie samodzielnie prowadzić działalność gospodarczą, a nie z przypadkowym zbiorem składników. Otwarty katalog składników przedsiębiorstwa zawarty w art. 551 kc., nie wyklucza wyłączenie niektórych składników. Oznacza to, że przy określonym stanie faktycznym, nie mogą być wyłączeni te składniki, bez których przedsiębiorstwo nie będzie w stanie realizować swoich zadań gospodarczych. Oprócz tego, w objaśnieniach podatkowych Ministra Finansów z dnia 11 grudnia 2018 roku, zostały wyakcentowane następujące okoliczności towarzyszące przeniesieniu wspomnianych składników:
Ocenę wspomnianych okoliczności należy dokonać w momencie dokonania transakcji. Ma jednak znaczenie by przedsiębiorstwo lub ZCP istniało przed aktem przeniesienia, jak i po nim, a nie było tylko zespołem składników materialnych i niematerialnych, które nabrało cech przedsiębiorstwa dopiero u nowego właściciela.
Przedsiębiorstwo może posiadać w swojej strukturze, dział, wydział lub oddział, który stanowi zorganizowaną część przedsiębiorstwa (ZCP). Definicje ZCP nie znajdujemy w kodeksie cywilnym ani kodeksie spółek handlowych, natomiast podaje ją słowniczek ustawy CIT (art. 4a ust. 4) oraz ustawy VAT art. 2 ust. 27e.
ZCP:to organizacyjnie i finansowo wyodrębniony w istniejącym przedsiębiorstwie zespół składników materialnych i niematerialnych, w tym zobowiązania, przeznaczonych do realizacji określonych zadań gospodarczych, który zarazem mógłby stanowić niezależne przedsiębiorstwo samodzielnie realizujące te zadania;
Organy podatkowe zgodnie podkreślają, że składowymi elementami ZCP jest ich wyodrębnienie na trzech płaszczyznach:
Wszystkie elementy występują w zorganizowanej części przedsiębiorstwa łącznie i pozwalają na samodzielne prowadzenie działalności gospodarczej.
Wyodrębnienie organizacyjne- powinnobyć dokonane na bazie statutu, regulaminu lub innego aktu o podobnym charakterze. Oznacza to, że jednostka jest strukturalnie zorganizowana, stanowi dział, oddział etc.
Wyodrębnienie finansowe – Oznacza ewidencje zdarzeń gospodarczych, pozwalająca na przypisanie odpowiednich przychodów, kosztów, należności i zobowiązań oraz na ustalenie wyniku finansowego. Nie chodzi więc o niezależność finansową ZCP.
Wyodrębnienie funkcjonalne – należy rozumieć, że ZCP jest przeznaczone do realizacji konkretnych zadań gospodarczych.
Aportu dokonuje kościelna osoba prawna, w ramach której działa wyodrębniona podatkowo wydzielona jednostka gospodarcza.
W przypadku wniesienie przedsiębiorstwa lub ZCP aportem do Spółki prawa handlowego przedmiot wnoszonego aportu zgodnie z art. 158 ust. 1 k.s.h. musi być dokładnie opisany w umowie spółki, do której aport jest wnoszony. W sytuacji spółki akcyjnej, przez akcjonariuszy jest sporządzany szczegółowe pisemne sprawozdanie (art. 311 k.s.h.).
Zmiana umowy spółki wymaga odpowiedniego wpisu w KRS.
Przeniesienie, odpłatne składników mienia wyodrębnionej jednostki organizacyjnej na spółkę handlową powoduje powstanie przychodu w myśl art. 7 ust. 1 u.p.d.o.p. oraz może być uznane za dostawę towarów w myśl art. 7 ust. 1 ustawy VAT. Oczywiście w przypadku odpłatnego przeniesienia mienia jednostki do Spółki handlowej, podatek VAT może być neutralny poprzez odliczenie podatku naliczonego, natomiast dochód po stronie kościelnej osoby prawnej, podlegał zwolnieniu. Niestety minusem mogą być wysokie koszty związane ze zbyciem, które mogą być poza możliwością finansową osoby prawnej, jak również w sytuacji likwidacji spółki przeniesienie jej majątku z powrotem do jedynego udziałowca będzie podlegało opodatkowaniu (por. Interpretacja Indywidualna z dnia 22 maja 2026 roku, Syg. 0114-KDIP4-2.4012.269.2026.2.SKJ). W tym miejscu najbardziej rozsądnym jest przeniesienie aportem przedsiębiorstwa lub jego zorganizowanej części na spółkę handlową.
Na gruncie podatku dochodowego od osób prawnych, wniesienie aportem wkładu niepieniężnego stanowi przychów w myśl art. 12 ust. 1 pkt. 7 u.p.d.o.p jedna do przychodów nie zalicza się wniesienie aportem przedsiębiorstwa lub ZCP art. 12 ust. 4 pkt. 25 lit.b, u.p.d.o.p.
Również ustawa o podatku od towarów i usług (ustawa VAT) podmiotowo wyłącza z opodatkowania transakcji zbycia przedsiębiorstwa lub jego zorganizowanej części (art. 6 ust. 1).
Czynność wniesienia aportu do spółki z ograniczoną odpowiedzialnością na gruncie ustawy o podatku od czynności cywilnoprawnych będzie traktowana jako zmiana umowy spółki kapitałowej. Stosownie do art. 1a pkt 2 ww. ustawy określenie spółka kapitałowa oznacza spółkę z ograniczoną odpowiedzialnością, spółkę akcyjną oraz spółkę europejską. W tej sytuacji zgodnie z art. 7 ust. 1 pkt 9 ustawy o podatku od czynności cywilnoprawnych, przy zmianach umowy spółki stosuje się stawkę podatku przewidzianą dla umowy spółki, czyli stawkę w wysokości 0,5 %. Stawka ta obejmuje, stosownie do art. 6 ust. 1 pkt 8 lit. b ustawy PCC wartość, którąpodwyższono kapitał zakładowy, a nie wartość wniesionego przedsiębiorstwa lub jego zorganizowanej części (zob. Interpretacja Indywidualna Dyrektora Izby Skarbowej w Katowicach z dnia 28.10.2009 roku Syg. IBPBII/1/436-203/09/MZ).
Przykład:
Kościelna osoba prawna wniosła aportem do Spółki z o.o przedsiębiorstwo w dwóch ZCP: wydawnictwo i drukarnie. Wartość przedsiębiorstwa wynosi 3 000 000 zł, a kapitał zakładowy podwyższono o 10 000 zł. Spółka zapłaci podatek PCC w wysokości 0.5 % od podwyższonego kapitału zakładowego w wysokości 50 zł.
Osobno kwestią pozostaje przyjęcie przez nabywcę zobowiązań poprzedniego właściciela. W przypadku wydzielonych jednostek organizacyjnych kościelnych osób prawnych zobowiązania wyodrębnionej jednostki są zobowiązaniami osoby prawnej. W ocenie sądów administracyjnych nie można zaliczyć do składników przedsiębiorstwa jego zobowiązań i długów. Natomiast definicja ZCP wskazuje, że jego elementem są zobowiązania. W orzecznictwie natomiast pojawia się teza, że definicja ZCP nie wymaga, aby w skład aportu wchodziły wszystkie zobowiązania i bezwzględnie cały majątek związany z ZCP.
W sprawach związanych z amortyzacją środków trwałych i wartości niematerialnych obowiązuje zasada kontynuacji amortyzacji zgodnie z przepisem art. 16h ust. 3a u.o.d.o.p.
Wyodrębnione podatkowo jednostki organizacyjne kościelnych osób prawnych prowadzących wyłącznie działalność gospodarcza ze względu na swój specyficzny charakter podatkowy, nie korzystają ze zwolnień przewidzianych dla kościelnej osoby prawnej, w ramach której działają, natomiast osoba prawna odpowiada całym swym majątkiem za zobowiązania zaciągnięte przez swoją wewnętrzną jednostkę.
Przeniesienie przedsiębiorstwa z wydzielonej podatkowo jednostki organizacyjnej na Spółkę prawa handlowego, której jedynym udziałowcem jest kościelna osoba prawna, wymaga rzetelnego przygotowania. Cały proces nie posiada ramek czasowych, jednak warto poczynić prace przygotowawcze poprzez oszacowanie składników majątkowych i prawnych, przygotowanie statutu nowo powoływanej Spółki oraz wyrejestrowanie wyodrębnionej jednostki organizacyjnej poprzez zgłoszenie do dyrektora właściwej izby administracji skarbowej wraz z przedłożonym formularzem NIP-2.
W przypadku wątpliwości czy prowadzona działalność gospodarcza ma charakter przedsiębiorstwa i być przeniesione na Spółkę z o.o., można zawsze wystąpić do Krajowej Informacji Skarbowej o udzielenie indywidualnej interpretacji podatkowej, przedstawiając stan faktyczny lub zdarzenie przyszłe.
Prowadzenie działalności gospodarczej przez odrębny podmiot prawny, którym jest spółka prawa handlowego, jest znacznie korzystniejsze od strony podatkowej. Dochody z działalności mogą być zwolnione od podatku dochodowego w sytuacji ich przekazania na cele statutowe kościelnej osoby prawnej, natomiast sama Spółka będąca płatnikiem VAT może korzystać z odpisu podatku naliczonego. Oprócz tego Kościelna osoba prawna nie odpowiada swoim majątkiem za zobowiązania Spółki.
