W art. 12 ustawy o stosunku Państwa do Kościoła Katolickiego w Rzeczypospolitej Polskiej z dnia 11 maja 1989 r. (u.s.p.k.k.) mowa jest o kościelnych podmiotach zajmujących się działalnością wydawniczą, oświatową, charytatywno-opiekuńczą, wytwórczą oraz handlowo-usługową. Podmioty te, posiadając wyodrębnioną strukturę organizacyjną, nie mają osobowości prawnej, lecz działają w ramach kościelnych osób prawnych, które je powołały. Wyodrębnione jednostki organizacyjne nie tylko nie posiadają osobowości prawnej, ale też nie mogą pretendować do miana tzw. jednostek ułomnych, którym odrębne ustawy przyznają zdolność prawną (zob. art. 33¹ § 1 k.c.). Oznacza to, że działalność – w tym gospodarcza – wspomnianych podmiotów jest działalnością kościelnych osób prawnych.
Zgodnie z art. 55 ust. 2 u.s.p.k.k. oraz art. 17 ust. 1 pkt 4a lit. a ustawy o podatku dochodowym od osób prawnych (u.p.d.o.p.) dochody z niegospodarczej działalności kościelnych osób prawnych są zwolnione od podatku bez względu na cel, przeznaczenie i ich ostateczne wydatkowanie. Z tej działalności kościelne osoby prawne są zwolnione z prowadzenia dokumentacji wymaganej przez ordynację podatkową oraz ze składania do urzędu skarbowego zeznania CIT-8. Natomiast zwolnienie dochodów pochodzących z działalności gospodarczej jest uwarunkowane ich przeznaczeniem na cele określone w art. 17 ust. 1 pkt 4a lit. b u.p.d.o.p. oraz ostatecznym wydatkowaniem (art. 17 ust. 1b).
W świadomości wielu organów kościelnych osób prawnych utrwaliło się przekonanie o wystarczalności sformułowania „dochody przeznaczone na kościelną działalność statutową”, aby wyodrębnione podatkowo jednostki organizacyjne prowadzące działalność gospodarczą mogły korzystać ze zwolnienia od podatku dochodowego na tych samych zasadach co kościelne osoby prawne. Należy jednak wziąć pod uwagę przepis art. 55 ust. 8 u.s.p.k.k., który przewiduje możliwość uzyskania podmiotowości podatkowej przez wyodrębnione jednostki organizacyjne kościelnych osób prawnych. Większość kościelnych osób prawnych korzysta z tej możliwości choćby po to, by działać jako odrębny podmiot posiadający własny NIP i zatrudniać we własnym imieniu pracowników. Posiadanie podmiotowości podatkowej czyni wyodrębnioną jednostkę organizacyjną odrębnym podatnikiem.
Przykład 1. Zgromadzenie zakonne prowadzi przedszkole. W tym celu zostały przeznaczone budynki zgromadzenia i zorganizowano strukturę. Przedszkole prowadzi działalność gospodarczą i jest wyodrębnioną jednostką organizacyjną Zakonu, ale nie posiada podmiotowości podatkowej. Zgromadzenie, choć zwolnione z prowadzenia dokumentacji wymaganej przez ordynację podatkową ze swojej niegospodarczej działalności statutowej, prowadzi taką dokumentację z działalności gospodarczej. Dochody osiągane przez przedszkole są dochodami samego zgromadzenia.
Przykład 2. Parafia prowadzi sklep z dewocjonaliami i lodziarnię. W tym celu wyodrębnia strukturę organizacyjną, która na wniosek proboszcza uzyskuje od właściwego naczelnika urzędu skarbowego podmiotowość podatkową na podstawie art. 55 ust. 8 u.s.p.k.k. Wyodrębniona jednostka organizacyjna, mimo że działa w ramach kościelnej osoby prawnej, którą jest parafia, jest odrębnym podmiotem podatkowym, posiadającym własny NIP, własną księgowość oraz możliwość zatrudniania pracowników.
W tym miejscu należy przypomnieć, że zwolnienie podatkowe jest wyjątkiem od zasady równości i sprawiedliwości podatkowej gwarantowanej przez art. 32 i 84 Konstytucji RP. Z tego względu wszystkie zwolnienia i ulgi podatkowe podlegają ścisłej interpretacji i nie mogą ani rozszerzać, ani zawężać przepisu podatkowego. Zgodnie z art. 1 ust. 2 u.p.d.o.p. przepisy ustawy stosuje się nie tylko do osób prawnych, lecz także do jednostek organizacyjnych nieposiadających osobowości prawnej. Natomiast zwolnienie regulowane art. 17 ust. 1 pkt 4a dotyczy wyłącznie dochodów kościelnych osób prawnych, a także spółek, których jedynym udziałowcem jest kościelna osoba prawna (art. 17 ust. 1 pkt 4b). Potwierdzają to liczne indywidualne interpretacje podatkowe (zob. interpretacja indywidualna Dyrektora KIS z dnia 31 grudnia 2018 r., sygn. 0111-KDIB1-3.4010.431.2017.1.IZ; interpretacja indywidualna IS w Katowicach z dnia 13 lutego 2017 r., sygn. 2461-IBPB-1-3.4510.1104.2016.2.MST oraz wyrok WSA w Gliwicach z dnia 9 grudnia 2014 r., sygn. I SA/Gl 739/14).
Powstaje zatem pytanie, czy i na podstawie jakich przepisów wyodrębnione podatkowo jednostki organizacyjne kościelnych osób prawnych mogą skorzystać ze zwolnienia od podatku dochodowego.
Już we wspomnianym wyroku WSA w Gliwicach zaznaczono, że dochody wyodrębnionych podatkowo jednostek organizacyjnych kościelnych osób prawnych mogą być zwolnione od podatku dochodowego na podstawie art. 17 ust. 1 pkt 4, o ile zostaną spełnione przesłanki określone w tym przepisie. Sformułowanie przepisu art. 17 ust. 1 pkt 4 stanowi:
zwolnieniu podlegają dochody tych podatników, których celami statutowymi jest działalność naukowa, naukowo-techniczna, oświatowa, w tym również polegająca na kształceniu studentów, kulturalna, w zakresie kultury fizycznej i sportu, ochrony środowiska, wspierania inicjatyw społecznych na rzecz budowy dróg i sieci telekomunikacyjnej na wsi oraz zaopatrzenia wsi w wodę, dobroczynności, ochrony zdrowia i pomocy społecznej, rehabilitacji zawodowej i społecznej inwalidów oraz kultu religijnego.
Oznacza to jednak, że nawet powołując się na powyższy przepis podatkowy, nie wystarczy przeznaczenie dochodów na kościelną działalność statutową. Sformułowanie przepisu jest jednoznaczne: zwolnieniu podlegają dochody podatników, których cele statutowe odpowiadają tym wymienionym w przepisie. Nie mogą więc być to cele statutowe kościelnych osób prawnych, lecz cele wyodrębnionych jednostek organizacyjnych. W przypadku gdy zgromadzenie zakonne prowadzi szkołę, która działa w ramach osobowości prawnej zgromadzenia, wydaje się oczywiste, że jej celami statutowymi jest działalność oświatowa. Ale co w sytuacji, gdy parafia prowadzi sklepik z dewocjonaliami i lodziarnię? Celem sklepiku z dewocjonaliami może być działalność na rzecz kultu religijnego, natomiast celem lodziarni – działalność gospodarcza. Podobne stanowisko wyrażono w jednej z ostatnich indywidualnych interpretacji podatkowych (zob. interpretacja indywidualna z dnia 26 czerwca 2026 r., sygn. 0111-KDIB2-1.4010.172.2026.5.AS).
Kolejnym problemem jest to, że wiele wydzielonych podatkowo jednostek organizacyjnych nie posiada własnych statutów, a najwyżej regulamin pracy. Tymczasem organy kościelnych osób prawnych żyją w świętym przekonaniu, że dochody owych jednostek są zwolnione od podatku dochodowego, jeżeli zostaną przekazane na cele statutowe kościelnej osoby prawnej. W tym miejscu należy zaznaczyć, iż przepis art. 17 ust. 1b, mówiący o warunku ostatecznego wydatkowania dochodów przeznaczonych na cele statutowe, stosuje się również do zwolnienia na podstawie ww. przepisu.
By przedstawić specyfikę sytuacji należy przedstawić w kilku słosach stan faktyczny problemu. Zakon podjął decyzję o wydzierżawieniu własnej nieruchomości spółce z o.o. i w tym celu powołał zakład usługowy, który na wniosek zakonu nabył odrębną podmiotowość podatkową na podstawie art. 55 ust. 8 u.s.p.k.k. Przy czym nieruchomość jest własnością Zakonu (kościelnej osoby prawnej), który jest stroną umowy dzierżawy, natomiast zakład usługowy faktycznie prowadziłcałą działalność związaną z dzierżawą (administrację, pobieranie opłat itp.). Innymi słowy, zakład usługowy prowadzi działalność gospodarczą związaną z wydzierżawianiem nieruchomości, której właścicielem jest zgromadzenie zakonne. Według naczelnika organu podatkowego powstały przychód jest przychodem kościelnej osoby prawnej, a nie wydzielonej podatkowo jednostki organizacyjnej.
Pomiędzy zakonem a organem podatkowym powstał spór zakończony wyrokiem NSA z dnia 16 października 2019 r., sygn. II FSK 3340/17. Z orzeczenia można wyakcentować następujące tezy:
W tej sytuacji, mimo że przychód z dzierżawy jest przelewany na konto wyodrębnionej podatkowo jednostki organizacyjnej, która prowadzi działalność gospodarczą i jest podatnikiem VAT, jest to przychód kościelnej osoby prawnej (zakonu), z którą zawierana jest umowa dzierżawy, i to ona jest płatnikiem podatku dochodowego, podlegającego zwolnieniu na podstawie art. 17 ust. 1 pkt 4a lit. b u.p.d.o.p. Sytuacji nie zmieni to, że Zakon zamierza dokonać zmiany umowy dzierżawy, wskazując, że umowę tę będzie wykonywał przez swój Zakład Usługowy, który będzie wystawiał faktury VAT i składał deklaracje VAT-7, a także opłacał podatek.
Nie każda wyodrębniona jednostka organizacyjna posiada podmiotowość podatkową (art. 12 u.s.p.k.k.), lecz tylko ta, która na wniosek organu kościelnej osoby prawnej została za taką uznana przez właściwego dyrektora izby administracji skarbowej (art. 55 ust. 8 u.s.p.k.k.).
Wyodrębniona jednostka organizacyjna, która została uznana za odrębny podmiot podatkowy, nie korzysta ze zwolnień podatkowych przewidzianych wyłącznie dla kościelnych osób prawnych. Nie oznacza to jednak, że podlega ona opodatkowaniu, ponieważ może skorzystać ze zwolnienia przewidzianego w art. 17 ust. 1 pkt 4, o ile zostaną spełnione przesłanki zawarte w tym przepisie. Główną przesłanką zwolnienia, często ignorowaną przez odpowiedzialnych ze strony kościelnych osób prawnych, jest przeznaczenie dochodów na działalność statutową podatnika. Chodzi więc o działalność wymienioną we wspomnianym przepisie i przewidzianą w statutach wyodrębnionej podatkowo jednostki organizacyjnej. Zakres zwolnienia nie obejmuje przeznaczenia dochodów na działalność statutową innego podatnika (kościelnej osoby prawnej), mimo że sam podatnik jest jej wewnętrzną jednostką organizacyjną.
W podatku dochodowym od osób prawnych, aby powstał przychód zgodnie z art. 7 u.p.d.o.p., u wyodrębnionej podatkowo jednostki organizacyjnej powinien zachodzić związek podatkowoprawny między przedmiotem a podmiotem opodatkowania.
Np. parafia prowadzi sklepik i lodziarnię; w tym celu wyodrębnia jednostkę organizacyjną, której zostaje przyznana podmiotowość podatkowa. Podmiot opodatkowania – wyodrębniona jednostka organizacyjna (sklepik i lodziarnia). Przedmiot opodatkowania – dochody ze sprzedaży towarów, do których wspomniana jednostka posiada tytuł prawny.
W sytuacji dzierżawy lub najmu, kiedy stroną umowy jest kościelna osoba prawna – właściciel nieruchomości, a wyodrębniona jednostka organizacyjna prowadzi działalność gospodarczą polegającą na wydzierżawianiu lub wynajmie, uzyskiwany przychód oraz osiągany dochód należą do osoby prawnej, z którą zawierana jest umowa cywilnoprawna. Nie ma w tym przypadku znaczenia, że pieniądze wpływają na konto wyodrębnionej jednostki organizacyjnej i to ona wystawia faktury. Zgodnie z orzeczeniem NSA z dnia 16 października 2019 r., sygn. II FSK 3340/17, nie ma też znaczenia, że kościelna osoba prawna przekazała nieruchomość swojej wewnętrznej jednostce.
Jednak w tym względzie nie ma jednoznacznego stanowiska ze strony organów podatkowych. W już cytowanej interpretacji indywidualnej z dnia 24 czerwca 2026 r. uznano przychód z dzierżawy nieruchomości Zakonu za przychód wydzielonej podatkowo jednostki organizacyjnej, która w imieniu zgromadzenia wystawia faktury, choć w opisie stanu faktycznego wspomniano, że to Zakon jest stroną umowy. Oprócz tego uznano za przychód wyodrębnionej jednostki organizacyjnej przesunięcie mienia ze strony Zgromadzenia, choć takie przesunięcie nie miało mocy prawnej, a jedynie charakter wewnętrznego ustalenia. Oczywiście, indywidualne interpretacje podatkowe opierają się na przedstawionej sytuacje faktycznej lub faktach zdarzenia przyszłego, które nie zawsze przedstawiane w sposób jasny i przejrzysty, natomiast interpretacje podatkowe dotyczące wyodrębnionych podatkowo jednostek organizacyjnych kościelnych osób prawnych są na tyle rzadkie, że tezy ww. orzeczenia NSA nie zawsze znajdują praktyczne zastosowanie jeżeli nie są podjęte przez samego wnioskodawcę.
